La leche debe proceder de animales sanos, y debe ser obtenida por procedimientos higiénicos. Aun así, para eliminar los posible microorganismos malos que pueden ser causa de enfermedades, en las fábricas se pasteuriza la leche. Este método fue inventado por el sabio francés Luis Pasteur, y consiste en calentar la leche hasta una temperatura de unos 75 grados centígrados o más durante un tiempo no inferior a 12 segundos. en este proceso se eliminan también algunas bacterias útiles, las cuales tendrán que ser agregadas antes del cuajado.
El cuajado es la coagulación de la leche, a la que se le ha agregado una sustancia llamada cuajo. La caseína es la
proteína que coagula con el cuajo y que, junto con la materia grasa, dará luego el queso.
Hay también otra clase de coagulación, llamada ácida.
Por este procedimiento se elimina el líquido de la cuajada, como si se apretase una esponja empapada. Para ello se corta la cuajada, se la presiona y se le aplica calor.
Obtenida la cuajada, y separado el suero, se la mete en moldes.
Éstos pueden ser de madera, metal o plástico(dependiendo del sitio de fabricación) y de diferentes tamaños, según el tipo de queso; cilíndrico, de bola, prisma de base cuadrada, etcétera.
Entre el molde y la cuajada suele colocarse un paño a modo de filtro.
El queso se prensa en dichas moldes durante un tiempo, que varía en relación con el tipo de queso que se vaya a hacer. Así se termina de eliminar el
suero sobrante.
Una vez prensado el queso, se le agrega la sal. Esto se puede hacer de varias maneras: espolvoreando la sal en la cuajada, o introduciendo ésta en salmuera.
Los quesos frescos (por ejemplo, el de Burgos) no pasan por la fase de maduración, ya que se consumen directamente.
En los otros quesos, el tiempo de maduración varía de acuerdo con las características de cada uno. Puede haber diferencias, que van desde algunos días hasta varios meses. También varían el tipo de recinto, la humedad y la temperatura. En las fábricas hay cámaras de maduración, con enormes estanterías de madera o bandejas de plástico.
Durante la maduración, el queso se vigila, dándole vueltas, para el afinado sea uniforme.